1. תרופות אנטיביוטיות – תרופות אנטיביוטיות משפרות את מצב הדלקת המקומי אך לרוב לא מרפאות אותן.
2. תרופות ביולוגיות שמדכאות את מערכת החיסון – תרופות אלו מרפאות את הפיסטולה ולעיתים אף מונעות את הישנותה. טיפולים אלה ניתנים לפיסטולות עקב מחלות מעי דלקתיות.

1. ניקוז – ניתוח זה מנקז את המורסה/פיסטולה כדי להתגבר על הזיהום החיידקי. לרוב ניתוח זה הוא הראשון בסדרה של ניתוחי פיסטולה.
2. כריתת של הפיסטולה או של הרקמה שמעליה – כריתה זו מתבצעת במקרים בהם הפיסטולה שטחית וכוללת שטח שרירי קטן של פי הטבעת. ניתוח זה מאפשר לשמור על שרירי פי הטבעת ומאפשר המשך שליטה על הסוגרים. בנוסף, ניתוח זה מאפשר ניקוז ההפרשות באמצעות חתך שנרפא מעצמו עם הזמן. ניתוח זה מבוצע לרוב באשפוז יום.
3. ניתוחי משמרי שריר – ניתוחים לכריתת הפיסטולה שבהם הפיסטולה מערבת או חוצה את שרירי הסוגר של פי הטבעת. ניתוחי משמרי שריר אינם פוגעים ביכולת השליטה על הסוגרים. ניתוחים משמרי שריר מתחלקים ל-5 סוגים שונים:

ניתוח ליפט (Ligation of intersphincteric fistula tract –LIFT) – הפרדת השרירים הפנימיים והחיצוניים של פי הטבעת והפיכת הפיסטולה ל-2 מחילות סגורות.

ניתוח סיטון חותך – חיתוך הדרגתי של השריר באמצעות חוט חותך שמקטין את הסכוי לפגיעה בתפקודו של השריר. לצורך מתיחת החוט יש צורך בביקורים חוזרים במרפאה.